本寺起源於民國63年、經神祇向當時東山碧軒寺住持夢境指示，主神觀音佛祖起源於巖坑本地，今因緣成熟須再回到源起地重建寺廟、利益眾生、弘揚佛法。當時東山碧軒寺住持遵照觀音佛祖指示，向溪內六村民地方士紳及村長說明此事。當時村長及地方士紳即時至東山碧軒寺請觀音佛祖正二媽到巖坑踏尋寺地。於民國64年農曆2月17日建造碧蓮寺觀音佛祖拜壇。往後經信徒多次討論，於民國83年組重建委員會重建碧蓮寺，並於民國84年農曆11月26日重建完成。
牌樓對聯書：「巖山鐘聲驚醒苦海夢中人，坑谷迎鼓三通振動五路」，聯文首字點出碧蓮寺坐落於「巖坑仔」。正門門聯書：「碧雲演真經，不出戒定慧三學律；蓮華生妙法，只消聞思修一心通。」柱聯書：「碧心大慈悲，真實不虛，欲度一切苦厄；蓮座空色相，意識無界，盡現五藴光明。」以「碧」、「蓮」二字為聯首，指出寺名「碧蓮」，同時聯文的「度一切苦厄」、「現五藴光明」等句亦暗示著供奉「觀音佛祖」。龍門門聯書：「觀色出真空，眼界光明舍利；音聞歸妙有，耳根清淨迦陵。」虎門門聯書：「佛言三藐三菩提，三生度脫；祖示一空一切空，一味圓通。」更是直接以主祀佛尊「觀」、「音」、「佛」、「祖」為聯首。 